指挥军官基础教育学院于2004年6月组建，主要由国防科学技术大学原工程兵学院、原基础合训学员旅与原人文与管理学院军事教育系合并而成。学院下设教学科研办公室、政治工作办公室、三号院管理处三个机关部门;军事基础教育系、体育与基层工作系、交通运输工程系、土木工程系4个教学系;5个学员大队共49个学员队和1个教勤队，1个幼儿园，1个干休所。

　　学院现有教授、副教授94人，其中硕士生导师21人;3人享受政府特殊津贴，1人被评为全国优秀教师，5人被评为全军优秀教师，2人被评委总参优秀中青年专家。学院现有军队指挥学、军事训练学一级学科博士学位授权点2个，土木工程一级学科硕士学位授权点1个，兵种战术学、载运工具运用工程二级学科硕士学位授权点2个，交通运输工程专业硕士学位授权点1个。

　　学院主要承担学历教育合训学员教育训练管理、学校军事基础教育和兵种专业人才培养三大任务。

　　一是合训学员教育训练管理。合训培养模式的全称是“基础教育合训、专业训练分流”。“合训”阶段，用4年时间完成普通本科学历教育和指挥军官军政基础训练，为学员的军事职业发展和“分流”阶段任职培养打下坚实基础。“分流”阶段，用1年时间针对第一任职岗位完成相应兵种专业指挥生长干部任职培训，使学员综合素质满足第一岗位任职需要。通过“合训”和“分流”两个阶段培养，打牢学员思想政治、科学文化、军事素质、领导能力和身体心理素质基础，使毕业学员成为既有发展潜力，又能胜任第一任职需要的高素质指挥人才。这些学员毕业后，将分配到全军各部队担任基层指挥员，相当部分杰出的毕业生必将成为未来治军建军的领导者。

　　二是全校学员军事基础教育训练。学院承担着全校学员军事理论、军事技能和军事体能教学任务，由军事基础教育系和体育与基层工作系2个教学系具体实施，这2个系的前身就是学校的原军事教研室和体育教研室。2010年学校党委对人才培养提出了“两个前列”的目标要求，即“科学文化素质要走在全国高校的前列，军政基础素质要走在全军院校的前列”。学院就承担着实现“两个前列”目标要求之中“军事基础素质要走在全军院校的前列”的重要职责，在全校高素质新型军事人才培养中发挥着重要的基础作用。

　　三是工程兵兵种专业人才培养。学院工程兵兵种专业学员每年的招生数将近200人，是第十六次全军院校会议唯一新增招生数量的专业方向，反映出在抢险救灾、国际维和、大型活动安保等非战争行动日益成为军队建设发展重要课题的趋势下，工程兵兵种专业人才已成为军队现代化建设比较紧缺的骨干力量。学院承担工程兵兵种专业教学与科研任务，由交通运输工程系和土木工程系2个教学系具体实施，这2个系的前身是原工程兵学院的工兵指挥系、地爆指挥系和舟桥指挥系。学院在长期的工程兵兵种教学与科研中，凝练出了“特别能吃苦、特别能忍耐、特别能战斗”的精神，形成了重实践教学、重操作能力、重作风培养的优良传统，为全军工程兵部队培养了大批优秀的初级指挥人才。

　　学院是学校军事指挥人才培养的重要阵地，在学校创一流大学进程中发挥着重要的支撑作用。2004年以来，学院共招收了1万余名学员，目前已毕业6000余名。这些毕业学员投身军队现代化建设，其中已涌现出了一大批英模人物和先进典型，受到全军各部队的广泛赞誉。